Hum... pas tout compris, mais il y aurait un bug de Thunderbird qui fait disparaître des messages (dans certaines conditions bien précises) lorsque l'on veut copier un trop grand nombre de messages d'un compte en POP3 vers un autre en IMAP.

Je n'ai jamais rencontré ce bug -ou alors je ne m'en suis jamais rendu compte- la voix de la sagesse m'ayant toujours suggérée de copier mes messages d'un compte à l'autre par petits paquets...